Amazon Genomics CLI

Traitez facilement et efficacement les données génomiques et biologiques brutes dans le cloud, à l’échelle du pétaoctet.

Avec quelques lignes de commande, configurez des moteurs de flux tels que Cromwell et Nextflow sur AWS en quelques minutes sans changer le code existant ni modifier les outils génomiques open source.

Automatisez les tâches chronophages telles que la configuration et le déploiement de moteurs de flux, la création de politiques d'accès aux données et le réglage des clusters de calcul pour un fonctionnement à grande échelle.

Exécutez des flux génomiques à plus grande échelle et en moins de temps, réduisant ainsi le temps nécessaire pour acquérir des informations utiles telles que l’identification des variants et le diagnostic des maladies.

Le code du projet Amazon Genomics CLI n’est plus activement maintenu et le référentiel Github sera archivé à compter du 31 mai 2024. Si vous recherchez un service pour gérer vos flux de travail génomiques, nous vous recommandons d’explorer AWS HealthOmics ou de contacter l’équipe chargée de votre compte AWS pour obtenir des solutions alternatives.

Fonctionnement

Amazon Genomics CLI est un outil open source pour les clients de la génomique et des sciences de la vie qui simplifie et automatise le déploiement de l'infrastructure cloud, vous offrant une interface de ligne de commande facile à utiliser pour configurer et exécuter rapidement des flux génomiques sur Amazon Web Services (AWS) spécifiés par des langages comme WDL. En supprimant la lourde charge de travail de mise en place et d'exécution des flux génomiques dans le cloud, les développeurs de logiciels et les chercheurs peuvent automatiquement allouer, configurer et mettre à l'échelle les ressources cloud afin de réaliser des études génétiques au niveau des populations, des cycles de découverte de médicaments, etc. plus rapides et plus rentables.

Cas d'utilisation

Médecine de précision

Activez l'analyse des données de séquençage du génome et appliquez les résultats dans un contexte clinique pour améliorer la santé humaine. À l'échelle de la population, identifiez les groupes susceptibles de développer un problème de santé particulier ou les porteurs lors de la prolifération d'agents pathogènes.

Découverte et développement de médicaments

Tirez parti de la génétique humaine et des connaissances des fonctions génétiques pour permettre le développement de traitements préventifs et la découverte de nouveaux médicaments.

Génomique environnementale

Utilisez les données de séquençage du génome pour caractériser la biodiversité, surveiller les modifications de l'écosystème et modéliser les prédictions sur la façon dont les organismes réagiront au niveau génétique aux modifications environnementales.

Comment démarrer

Démarrer avec Amazon Genomics CLI

Visitez GitHub pour télécharger et installer les instructions.

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